*Godot est mort !*
Craig Venter, le premier décrypteur du génome humain, affirme avoir mis au point la première cellule artificielle (pour la somme de 30 millions de dollars : 0,016 % des gains réalisés en vendant à découvert des CDO synthétiques pourris).
Ils sont donc deux maintenant. Pendant que « les marchés » s’effondrent, l’humanité suit son cours historique.
Tous nos vœux au nouveau papa qui décrit son bébé comme : « La première cellule auto-réplicante dont le parent est un ordinateur » !
PJ : « Un lecteur d’aujourd’hui de mon livre Principes des systèmes intelligents » Je pense que c’est le commentateur Colignon David*…
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23 réponses à “Un heureux papa !”
Cyberdyne…
Mooouuuais…
Mettre ensemble des morceaux de génome copiés d’un organisme existant; les mettre bout à bout et les faire se multiplier dans une autres cellule préexistante, c’est un bel exercice de virtuosité technique mais n’a rien à voir avec créer une cellule artificielle. C’est ce que fait n’importe quel virus qui infecte une cellule.
Venter est à la fois biologiste et homme d’affaires. Ici, je crois que c’est l’homme d’affaires qui a réalisé un beau coup médiatique.
Paul, vous me semblez revenir à certaines approches prométhéennes que j’avais découvertes (avec un peu d’appréhension) dans un texte ancien que vous aviez commis…
je trouve que c’est extraordinaire, c’est la première fois dans l’histoire de la vie qu’un génome n’est pas conditionné par la loi de la sélection naturelle. Richard Dawkins va devoir réecrire « le gène égoïste ».
Paul désigne les choses vraiment importantes dans le brouhaha de l’information. C’est une nouvelle vraiment importante.
Bien sûr, on discutera à juste titre le coup médiatique, la motivation inquiétante de Craig Venter, l’antériorité complexe à démêler, l’immense risque qui menace d’être débondé sans conscience. Mais c’est un évènement marqueur d’une évidence: l’humanité est sur le point d’intégrer la vie elle-même dans son domaine d’action et de contrôle…
Assurément, le monde en sera changé à jamais, en bien comme en mal!
Bah, finalement c’est une situation déjà connue. Quand Homo erectus a maîtrisé le feu et ses bienfaits, il sûrement aussi foutu le feu à sa brousse natale dans la foulée!
C’est huit ans après la synthèse complète (« chimique ») du premier virus
celui de la polio en 2002
First synthetic virus created
dont voici la douce formule chimique (separateur anglo-saxon « , » pour les milliers) :
C_332,652 H_492,388 N_98,245 O_131,196 P_7,501 S_2,340.
Si on raccourci un peu le temps, la question qui se pose est :
Quelle forme prendra la bulle biotech qui viendra ?
Quels en seront les CDS ? qui en sera la Grèce ?
Je ne blague qu’à moitié. Le développement de diagnostics aussi sophistiqués que les bactéries qu’on pourra vous injecter permettront de vous « noter » en terme médicaux.
J’en suis Fichte_ment inquiet pour Standard (and Poor).
Les « Réplicants » vont truster les prochaines législatives !
Si j’ai ben compris il a créé un génome artificiel et utilise une cellule naturelle hôte pour le répliquer.
On ne peut donc pas dire qu’il a crée une cellule artificielle mais un virus artificiel, or dans la classification usuelle un virus n’est pas « vivant », c’est la cellule qui le réplique qui est « vivante ».
Le vif saisi comme mort, saisie dans le vif.
Non non, Craig Venter n’est pas un amateur.
Si j’ai bien compris, il n’y a rien dans la cellule que du cytoplasme « nutritif », quelque ribosomes présents pour démarrer quelque chose, et autres organites minimaux (tubules pour la solidité de la cellule sans doute) et rien d’autre, pas de noyau surtout.
Le virus utilise la machinerie entière existante pour se reproduire et attendre des jours meilleurs, mais un virus n’empêche pas fortement la machinerie existante de la cellule de s’exprimer, il se contente de bloquer tel ou tel parmi les what mille protéines mises en jeu dans le protéome d’une cellule. Puis quand il est nombreux, il finit par peser comme un parasite. Bien sûr il aura au passage lancé des toxines pour que les cellules soient plus fargiles, irritées, turgescentes, histoire que la suite continue, mais il ne se précipite pas à la Kommandatur (le noyau) pour faire le petit chef.
Là, pour le truc de Craig Venter, au niveau de qui s’exprime dans la cellule, on part de rien, Zylch. C’est l’ADN synthétique introduit qui fabrique tout ce qu’il faut. On a donc codé pour du métabolisme sympa et quand même pour de la reproduction donc je suppose qu’il y a un noyau et tout ce qu’il faut pour les histones et la chromatine etc. , plus une palanquée de marqueurs à exprimer pour être reconnaissable, et bcp de codes « secret » non exprimé et donc invisible si on ne séquence pas l’ADN.
Pour la plupart des lecteurs de ce blog, ca doit être un peu mystérieux, mais c’est normal : une cellule c’est encore un truc pas très clair aujourd’hui, un vrai immeuble avec des appartements et des cuisines, si vous mettez l’ADN à la taille d’une lettre A4 (30 nm –> 300 mm) (5 microns –> 50 m). Le virus, c’est un paquet de courrier (60 nm en gros).
Le pire dans le style « on connait pas bien, » c’est les bactéries de la flore intestinale, plus nombreuses d’une facteur 10 que les nôtres propres (mais sans doute 1000 fois plus légères chaque, car ca doit en faire 500 g en tout, hein, pas 500 kg ! c’est pas de l’économie virtuelle ! ).
On les laisse aujourd’hui, ces bactéries, dans l’intestin, lors des greffes de système digestifs complets (je ne vous le souhaite pas). On n’avait pas compris avant 2005 en gros, et on les antibiotiquait et ça foirait souvent.
Merci beaucoup pour ce complément d’infos.
Un âme charitable pour expliquer en termes simples l’importance de cette nouvelle ?
Par ordre de complexité dans le vivant vous avez
– l’ADN, suite de 4 bases (4 molécules d’une trentaine d’atomes) dites A C G T (Adénine, Thymine, Guanine Cytosine), qui adopte la structure en hélice, se réplique etc.. Le coeur génétique.
– Les protéines, fabriquées en « lisant » le gène trois bases pr trois bases (les « codons ») avec seulement 20 des 64=4*4*4 possibilités codantes, pour vingt acides aminés (cystéine, arginine, onles trouves dans les compléments nutritifs).
Une protéine= 50 à 250 acides aminées, = 200 à 1000 bases.
En très très gros, une protéine = un gène. Si vous êtes biologistes, vous jugerez cette image outrancièrement simple.
– Les protéines sont compliquées (repliement non trivial, le prion par exemple), diverses, fragiles et j’en passe. Ca fait « tout (kératine = peau, enzyme= catalyse chimique.
– L’organisation du tout, c’est la cellule avec un « chateau » , le noyau, ou l’ADN est « lu », les ordres filtrent à travers la membrane du noyau et vpont se faire exécuter par la cellule, par les ribosomes qui vont transformer l’ADN messager issu du noyau en protéines, avec l’aide d’un ARN de transfert. L’ARN ressemble à l’ADN mais a lui même une certain souplesse morphologique qui ajoute à sa complexité, et le rapproche des protéines.
– La vie, même unicellulaire (bactérie etc) suppose de reproduire tout cet édifice et de réguler son expression, par des chaines de récepteurs/hormones, qui sont des protéines ou des petites molécules, des « clés » qu’on envoie trouver des serrures dans le bain. Cela implique à la louche le contrôle de 10×30 protéines, 10 fonctions (nutritions, élimination, gestion des membranes, du Ph, de la salinité,reproduction (méiose)…) x 30 protéines (soldat, maréchal des logis, cuistot, conrtoleur des travaux finis,…)
– Un virus fait un truc très simple : c’est un petit bout d’ADN encapsulé dans un jeu de huit (grippe …ou plus) protéines qui lui font une boite un peu comme un lego, solide et (assez) simple. l’ADN code pour les protéines de lego de virus , et le virus ‘a qu’à être un commensal de la cellule, y entrer pour profiter de l’énergie et des ribosomes qui y sont pour se faire copier ses protéines. Celles-ci iront se réassembler, faire une particule capable de repercer la paroi de la cellule et c’est reparti pour un tour. Les fameux H5N1 ou H1N1 sont le nom des légos extérieurs de la boite, qui lui permettent d’entre et de sortir des cellules (Hémaglutinine et Neuramidinase). Comme les protéine ont 200 briques, on peut en varier quelques unes, c’est ce qui explique l’incertitude sur les reconnaissances immunitaires, popularisées par les variantes de H1N1 (« saisonnier », ou pas).
==> Donc faire un virus ex nihilo, c’est synthétiser le petit bout d’ADN (8000 bases de mémoire pour la polio), avec un « synthétiseur d’ADN », une machine qui sait mettre bout à bout A C G T suivant une séquence au choix. CA s’arrête à 200 en machine « pas cher », il faut quelques astuces pour aller à 8000, ce fut fait en 2002, donc (mon post ci-dessus).
Mais noter la simplicité du virus, un « lego » qui exploite le métabolisme et l’usine locale pour se faire dupliquer, en ayant juste eu la gentillesse de se laisser mettre en morceau. (Perfidement dirait Angela, la facon d’injecter l’ADN à travers la membrane ou de le recompacter dans la capsule à des pressions pas possible est impressionnante quand même)
==> En revanche, faire une cellule quasi from scratch », à partir de soupe dans une membrane , c’est plus chaud. On ajoute l’ADN, et il doit faire non pas huit briques de lego pour se refabriquer, mais dérouler tout un programme aussi compliqué que la construction d’une maison avec ses douze corps de métier, pour y arriver : se refaire un noyau autour de lui (membrane nucléaire, assez perméable), gérer les messagers entrants et sortant, pour commander aux milliers de protéines mises en jeu. L’ADN d’une bactérie fait plutot quelque MILLIONS de base, cela code potentiellement pour 8000000/800=10000 protéines. En réalité une large proportion de cela est définitivement silencieuse, genre 90-97%. Ca laisse les 300 protéines dont il était question plus haut.
Les mammifères ne sont « que » mille fois plus compliqués, avec un « protéome » de la centaine de milliers de protéines, un génome de qqs milliards de base, en gros le million (à vérifier) de gènes.
Et on rappelle que tout ça est exprimé ou non exprimé suivant les messages qui virevoltent.
On a aussi découvert un mode « ni noir ni blanc » de l’ADN lui-même lié à la méthylation (rajout du radical -CH3) des bases ACGT (près des paires CG surtout) et cela donne l’épigénétique, une vraie révolution depuis 15 ans, qui fait comprendre qu’il existe une « descendance faible » de courte durée(qqs générations).
Ceci dit, le protéome total de votre intestin est surtout celui des bactéries de la flore, en très très gros nombre, un vaste continent parasito-symbiotique.
Craig Venter a donc, pour conclure, fait un ADN de qqs millions de base de façon chimique, en l’assemblant à partir de séquences sur son disque dur transmises à ses machines de synthèse et d’assemblage. Puis il a mis le tout « avec soin » dans une nouvelle cellule énucléée, un sac à bouffe « blanc » pour « booter » l’ADN comme votre vulgaire BIOS de votre bécane à besoin du processeur central « bête et méchant » (et énergivore) pour marcher. Et après, à la place de votre Windows ou Linux ou OSX, c’était « CRAIGCELL » ou son « OS », quoi.
Par comparaison, les transplantations de noyaux de cellule sont notoirement difficile, on le sait dans le grand public depuis les déboires du coréen sur les cellules souches « totipotentes » (versatiles), qui a fini par frauder. C’est parce que les cellules ont aussi un environnement et les signaux extérieurs comptent beaucoup pour les stabiliser. Entre autres.
HIstoriquement, on a fait des cellules à ADN modifié en transfectant le gène de bactéries avec des virus. C’est ainsi qu’on a détourné Escherichia Coli (à vérifier) pour faire de l’insuline, l’OGM le plus « utile » au monde ces temps ci (pour les diabétiques). L’ADN des bactéries est en effet aussi bordélique que Windows Vista, plein de « failles de sécurités » qui permettent aux bactéries de changer de gènes (avec les virus comme agents double) comme de chemise, pour une grosse fraction (des pourcents entiers) de leur génome.
D’où les résistances des bactéries aux antibiotiques, le cauchemar maintenant dans les hopitaux (Staphylocoque doré résistant à la méthicilline, MRSA en anglais, cas de Guillaume Depardieu (jambe) et de Johnny (dos)). Ces résistances apparaissent dans l’année même de l’exposition aux antibio. On en reviendra probablement à ce sujet à la seule chose que l’écologie nous apprend fixement : faire des écosystèmes variés, ce sont les seuls durables. Tout ce qu’on fait « partout pareil » (monoculture) conduit à des emmerdements…
C’est le contraire de la société, où il faut réduire les inégalités, là il faut maximiser la diversité.
Ma vision de ce paradoxe :
C’est la dialectique compliquée de la vie.
Avoir un maximum d’interface dedans/dehors pour se nourrir, avoir un dehors varié et en prendre soin, et avoir un dedans coopératif au maximum, sans exploitation brute…
@timiota
Merci pour ces précisions, je me demande tout de même si on ne sous-estime pas dans cette présentation l’importance du cytoplasme (dans le sens où se serait peut être la chose la plus difficile à faire et qu’on arrivera à faire en dernier)
Dans votre analogie le cytoplasme est le bios et le noyau, l’Os, mais qu’est ce qui fait l’ordinateur (le processeur, le disque dur..) ? plutôt le cytoplasme non?
@timiota
Impressionnant exposé! Serait-il possible d’avoir la même chose assortie de votre avis sur les phages puisque vous avez évoqué la résistance des bactéries aux antibios? Merci d’avance!
Ah, j’ai oublié les chromosomes qu’évoque pault ci-dessous.
Et je dois rectifier ADN messager en ARN messager bien sûr. Et parler des phages.
– Chromosomes : j’y connais rien, c’est la plus grosse organisation de l’ADN, quand on va du grand vers le petit, c’est la dernière qu’on puisse classer et catégoriser au microscope optique, d’où son intérêt historique. Aujourd’hui, on y reconnait « dedans » les morceaux, mais les 1000 bases dont je parlais ne font que trois pixels de microscope de la photo traditionnelle de chromosome (genre le X et le Y , la tarte à la crème).
C’est aussi la plus éloignée de la base de biologie moléculaire, la moins directement en rapport avec la triade orthodoxe (ADN,ARN,protéine), sa structure vient de choses compliquées (topologies, j’ai laché le mot histone tout à l’heure). Les extrémités des chomosomes, les téléomères, sont des sujets d’étude passionnant, on y trouve des bizarreries comme l’ADN « Z », je m’égare …
– Les phages : j’y connais rien, sauf le livre de F. Jacob, la Statue intérieure. Autour de Jacob et Lwoff (de mémoire , à l’institut Pasteur dans le 15e) se constitua « l’église du phage », les happy few qui avaient compris sur quoi on avait le doigt avant même qu’on connût la structure de l’ADN en 1953. Ils s’amusaient donc à regarder ces phages qui sont des bactéries, et sont souvent liés à des ADN en anneaux, des plasmides. Ils eurent le plaisir de voir que les bactéries infectées se mettait à lire l’anneau du phage à un des point de départ possible dans la séquence, et ed voir au fur et à mesure du temps, les phénotypes correspondants apparaitre (production de telle ou telle substance, je crois). Ils ont donc déduit l’essentiel des résultats « opérationnels » en même temps ou même avant qu’on ait la pleine compréhension ADN/virus/ribosomes/protéines. Le puzzle a muri grâce à ces choses là.
Francois Jacob
Patrik:
La nouveauté réside dans le fait qu’un organisme synthétique a été créé. Pour être tout à fait honnête, un chromosome synthétique a été créé et introduit dans une bactérie dont on a préalablement retiré le chromosome. Ce chromosome synthétique est une copie conforme du chromosome d’une bactérie proche de celle utilisée comme hôte. Etant donné la complexité du fonctionnement d’une cellule, c’est un travail très impressionnant.
On n’en est pas encore à la création d’un organisme totalement nouveau, mais c’est la démonstration de l’applicabilité d’une technologie : un chromosome fonctionnel synthétisé à partir de quatre composants biochimiques (acides nucléiques) assemblés, comme un collier de perles, par une machine suivant les instructions d’un ordinateur.
L’intérêt immédiat : modifier le métabolisme de bactéries d’intérêt pour produire des composés biochimiques tels que des biocarburants (ça fait tjrs bien ds un communiqué de presse), des molécules a usage médical ou des vaccins.
L’intérêt philosophique: on en est aux prémices de la vie artificielle. Cela soulève évidemment beaucoup de questions éthiques. On peut remarquer aussi que la biologie synthétique quitte les mains des « nerds » et débarque dans l’industrie.
Limitation actuelle : cela a été réalisé sur un type de bactérie bien particulier (très « simple ») reste à voir quels seront les écueils à surmonter pour appliquer cette technique à des organismes plus intéressants (autres bactéries, levures…).
Des CDO synthétiques au vivant synthétique: le rêve pour un financier! Plus rien n’est réel, il n’y a pas d’être donné, rien que fait sur mesure. Il se dissimule dans tout cas, à quelques encablures près, un fond d’eugénisme. Ce dernier se révélera peu à peu.
Correction: … Il se dissimule dans tout ça (et non pas cas!)
oui, je pense qu’il y a des analogies à faire entre monde financier et monde biologique, au titre de la complexité (il faut que je lise PJ là-dessus).
En gros, théorème de Gödel (vu par PJ ou par D. Hofstadter dans le Gödel Escher Bach ) , ca se relie à la complexité de l’ADN, ou plus exactement de l’ARN, le « pervers polymorphe » de la famille, et la complexité des marchés a aussi des aspects analogues, la création de structures complexes qui tendent à parler (et parler fort) de leur propre organisation, ou de ce qu’elles peuvent régenter.
Leclerc écrit toujours « les marchés » en italique, n’est-ce pas. « Les marchés », c’est l’argent « ARN-isé » ou « Gödelisé » comme on voudra, capable d’engendre des « propositions » contradictoire avec les peuples qui les ont fait naitre puis entretenu. Si Zébu y rajoute un peu de thermodynamique, nous avons de longs discours en perspectives. Tant mieux ?
La boîte de Pandore de la biologie synthétique, par Hervé Le Crosnier :
Ce n’est pas de la science pour comprendre, mais pour prendre, pour s’accaparer du pouvoir. Recherches absolument méprisables.
Pour rester constructif plutôt que stérilement polémique, je ne sais ce que vous pensez du groupe « PMO » qui a fait capoter les débats sur les nanotechnologies.
Pour ma part, je crains que cela ne soit que l’écume, l’écume du fait que l’Ecole n’arrive plus à nous relier, à faire en sorte que le respect des singularités dont je parle dans un autre post, ne soit pas effacé par la tyrannies des industries culturelles. Mettre quelques milliards d’individus derrière des écrans dont on mesure ensuite l’audimat a eu, a maintenant, et aura plus d’influence sur notre devenir que la plupart des dérives prométhéennes directes (énergie & bio) . Et comme les deux questions sont, comme je le laisse entendre dans la phrase précédent, reliées, je pose la question de savoir si il ne convient pas d’abord de s’attaque à la machine à dé-singulariser et à prolétariser (par négation du savoir-vivre) les masses, plutôt que de s’attaquer aux innovations sous leur angles technologiques, toutes très ambiguës.
Je note enfin le rebouclage du système pour produire ce qui manque , en analysant hâtivement les « apros géants Facebook » . Les isolations individuelles produites par les systèmes des industries culturelles (« chacun derrière son écran) finissent par faire bourgeonner du collectif non virtuel. C’est bien plus qu’une simple substitution de la sociabilité de proximité par une un peu plus électronique, c’est le printemps d’une herbe, bonne ou mauvaise, qui pousse sur des terres profondément retournées, sans qu’on ait jamais su ce qu’il y avait dans le sous-sol.
Si nous devons risquer de vivre dans un monde dévasté par nos bêtises prométhéennes, et de surcroît dans une anomie des esprits et un avilissement des valeurs corrélatives, je penserais quand même d’abord à me prévenir du second danger, qui ne vient « que » du primat de tous les court-termismes… . On s’en défendra donc à condition de savoir les identifier, je fais l’hypothèse optimiste que ce n’est pas trop une définition tautologique. « Make it long something will happen » .
@ Crapaud Rouge
Je ne suis pas sûre que les diabétiques & insulino-dépendants soient de votre avis.
Et sûr le fond, que pensez vous qu’on fera une fois que l’on aura compris les gros morceaux du fonctionnement de tout cela ? Il y a certes eu l’auto freinage d’Asilomar, mais nous n’y couperons pas de revisiter la limite du vivant, simplement parce qu’on en saura « assez » .
C’est le respect qu’on doit aux individus en tant qu’ils sont singuliers, qui fixe les limites. Qu’on me considère comme une soupe de cytoplasmes entassés, et qu’on me propose des substances issues de ces bactéries, ça ne me choquerait pas. Même qu’on me fasse réparer une plaie (fracture …) par des cellules programmées pour se faire éliminer après avoir soigné, ca ne me choquerait pas tant que ça non plus…
Erratum !: Ach grosse error.
Dans les bactérie, il n’y a pas de noyau (procaryote…), c’est pour ça qu’on en parle nulle par, je ne suis pas du tout biologiste et je n’ai compris des choses que sous l’angle de la bio moléculaire, c’est clair.
Donc sans noyau, ca enlève certaines des fonctions à faire (« garder le château »), mais cela exige une bonne continuité dans le travail pour faire tout ce qu’il faut sans avoir « d’atelier » local dans la cellule.