Covid-19 : il y a contamineur et contamineur, par Timiota

23 mai 2020 9h55

Tiens, (cf. Mediapart (payant) Des chercheurs revoient le seuil d’immunité collective à la baisse) les études sur la « vraie structure » (fractale en gros) du R₀ indique que le seuil d’immunité pourrait s’abaisser énormément si les « superspreads » sont sous contrôle. En effet, si le R₀ moyen de 2,9 est en réalité la superposition de 100 cas où

– à 70% vous ne contaminez personne
– à 25% vous en contaminez 3
– à 5% vous en contaminez 30

(pour simplifier)

… alors vous passez à l’extinction statistique en tuant les cas « 5% qui contaminent 30 ». Ceci pourrait, disent diverses études, être atteint dès 14-20% d’immunité (quand même x3 vs ce jour). Et en tout cas rendrait la deuxième vague assez plate.

Ceci en renvoyant aux travaux de Laurent Hébert-Dufresne (lire les publications ici et là).

Les « skewness » [P.J. ± caractère penché] et autres « kurtosis » [P.J. ± caractère pentu] des distributions de R sont assez géantes pour en arriver à ce genre de modification drastique sur la théorie « homogène », avec son R₀ à 65%. Cela recoupe les questionnements de William Dab « comprenons d’où viennent les nouveaux cas ».

Car c’est avec cette info qu’on pourra utiliser ou pas cette demi-bonne nouvelle :

on ne permettra pas plus les grandes réunions que maintenant (milieux scolaires & université…), mais on pourrait considérablement relâcher les barrières sur les petites (<10 personnes) donc une bonne part des magasins & administrations, et divers lieux de tourisme distribués (petits musées, campings, petits hôtels).

Et se poserait quand même la question des départs de feux certes maitrisable si la stat est si hétérogène, mais qui vont causer à feux doux 2000 ou 3000 morts de plus quand même.

Disons qu’un facteur 2 sur l’immunité seuil (vers 35%) est sans doute assez plausible. Ça ne rend pas la question « horde » tellement plus acceptable, sauf du pur point de vue des m² de sépultures, moins demandés.

Confinement, Épidémiologie

Confinement, Coronavirus, Covid-19, Deuxième vague, pandémie, R0

29 réponses à “Covid-19 : il y a contamineur et contamineur, par Timiota”

CloClo

23 mai 2020 11h22

Salut Timiota,

Et cela sans prendre en compte, que pour des raisons non élucidées, des personnes ne sont simplement jamais contaminées même dans des environnements confinés comme un porte avion ou un bateau de croisière…

Il est clair que historiquement, toutes les épidémies ont eu une courbe en cloche, puis s’en sont allées comme elles sont venues. Quand tu rajoutes des mesures de distanciations sociales, d’éloignement naturel, des mesures renforcées d’hygiènes et des limitations de déplacements et de concentration, un peu d’aération régulière, puis des tests et de la quarantaine spécifiques, et une bonne partie de port du masque, dans toutes ces conditions, les chaînes de transmission sont tellement fragiles statistiquement que se retrouver avec une deuxième vague plus meurtrière que la première serait quand même assez pas de chance non ?

En fait, empiriquement on pourrait même dire que la probabilité au doigt mouillé de ne pas en avoir une autre est plus importante. Il y aura des malades, des petits clusters (on en voit comme dans certains lieux confinés comme les abattoirs actuellement) mais sans submersion du système de santé probablement.

Nous sommes tous des êtres humains, mais nous ne sommes pas tous exposés de la même manière aux pathogènes, et notre organisation collective et nos réactions individuelles et de groupe sont des paramètres importants limitatifs. Et le problème de certaines réflexions c’est qu’on ne retient qu’une forme « neutre » de l’individu dans les modèles comme si tout était linéaire et ouvert, homogène.

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1. Toulet Alexis
  
  23 mai 2020 11h35
  
  « des personnes ne sont simplement jamais contaminées même dans des environnements confinés comme un porte avion »
  
  Vous avez raison, j’oubliais l’exemple du Charles de Gaulle ! (1)
  
  Sur un total de 2 400 marins et membres du groupe aéronaval présents à bord, environ 1 100 ont été contaminés. Soit un taux de 45%… bien au-delà du taux maximal de 22% cité par Gomes et al. voir mon commentaire ci-après.
  
  Voilà qui met quelque peu à mal leur hypothèse que le coronavirus serait limité aux environs de 20% de taux d’infection par des facteurs naturels…
  
  (1) http://www.leparisien.fr/societe/coronavirus-presque-tous-les-marins-du-charles-de-gaulle-sont-gueris-04-05-2020-8310876.php
  
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Toulet Alexis

23 mai 2020 11h29

Je n’ai pas accès à Médiapart, ce qui m’a obligé à chercher les études scientifiques sur lesquels se base cet article. Bon, il est vrai que je l’aurais fait de toute façon… tant il est vrai qu’en matière d’information, remonter à la source est toujours utile, pour ne pas dire indispensable 🙂

Sauf erreur de ma part, il semble bien n’y en avoir qu’une : « La variation individuelle de la susceptibilité ou de l’exposition au SRAS-CoV-2 abaisse le seuil d’immunité collective » par Gomes et al. daté du 27 avril, actuellement en prépublication (1)

Le point essentiel à garder à l’esprit concernant cette étude est qu’il s’agit d’une modélisation théorique, qui n’est pas basée sur des observations. Les auteurs montrent que s’il existe une grande variabilité dans la sensibilité au virus, alors le seuil d’immunité de groupe sera grandement abaissé, peut-être jusqu’à 10-20%.

Si. (2)

Car c’est un « si ». Les auteurs le reconnaissent eux-mêmes :
« Alors que l’immunité collective est attendue à partir d’un seuil de 60 à 70 % d’immunisation d’une population homogène si le R0 est entre 2,5 et 3, ces pourcentages tombent dans la fourchette de 10 à 20 % si le coefficient de variabilité est entre 2 et 4. La question critique est donc la suivante : dans quelle mesure sensibilité et exposition de l’homme au SARS CoV-2 sont-elles variables ? Jusqu’à présent, il n’y a pas de réponse définitive à cette question. »

Les auteurs expriment ensuite leur inquiétude du fait que la réponse définitive pourrait prendre un certain temps, si bien qu’il serait trop tard pour adapter les politiques de santé publique afin de profiter de la variabilité de la sensibilité au virus. A moins, proposent-ils, d’agir de manière pragmatique (« unless we act pragmatically »)

Mais comment agir « de manière pragmatique » ? Eh bien, remarquent-ils, pas mal de maladies ont un coefficient de variabilité entre 1,8 et et 3,3, et ils donnent quelques exemples. Et si le covid-19 était du lot, eh bien le seuil d’immunité serait beaucoup abaissé. De plus, c’est précisément ce qu’indique une étude « Estimation de la surdispersion dans la transmission de COVID-19 en utilisant la taille des foyers en dehors de la Chine » par Endo et al. en pré-publication depuis début avril et estimant un coefficient de variabilité de 3,22 (3) Cette étude semble à première lecture sérieuse, mais elle n’est pas sans certaines limites, que ses auteurs listent eux-mêmes – voir l’avant-dernier paragraphe de la partie Discussion.

Bon, les auteurs de l’étude Gomes et al. rajoutent ensuite une phrase qui commence par « Ça dépend… ». Et ils suggèrent encore que les résultats de l’étude Endo et al. pourraient avoir été influencés par l’impact de la distanciation sociale.

Plus loin, Gomes et al. citent encore les études sérologiques sur les passagers du navire de croisière Diamond Princess montrant un taux d’infection de 17%. Et font remarquer que les pires chiffres de ce taux n’importe où dans le monde sont au pire de 22%, et bien souvent incomparablement plus bas. Comme si l’immunité collective était déclenchée dès les environs de 20% de taux d’infection, en fait.

Ou comme si les mesures de distanciation sociale avaient bloqué ce taux d’infection à des valeurs très diverses suivant la rapidité et l’efficacité de sa mise en place, et que le pire cas de réponse lente et inefficace sur un terrain sous-jacent favorable au virus (forte connectivité entre personnes) se trouvait correspondre à 22%.

Toujours ce « Si ». Toujours ces deux manières d’interpréter les résultats : une maladie qui est de toutes façons naturellement limitée par la forte variabilité de la susceptibilité des humains et ne peut dépasser quoi qu’il se passe environ 20% d’infection d’une population donnée, une maladie qui n’a été limitée que par les politiques de lutte plus ou moins efficaces et plus ou moins rapidement adoptées dans tel pays ou à tel endroit.

Et aucune donnée solide et incontestable pour choisir entre ces deux interprétations.

Sans compter, comme les auteurs le rappellent eux-mêmes, qu’on ne sait pas à ce jour si l’immunité persiste chez les personnes atteintes pendant de nombreuses années… ou seulement quelques mois. Ce n’est rien qu’une hypothèse :
« Nous avons supposé que l’infection entraîne une immunité adaptative persistante »

Gomes et al. appellent à « agir de manière pragmatique ». J’aimerais bien leur demander : s’il s’agissait d’un membre âgé de votre famille, vous joueriez sa vie là-dessus ? Parce que moi, non.

Je suis un peu comme Philippe de Macédoine, voyez 🙂 … je trouve certains « Si. » quelque peu menaçants. Et je ne suis pas partisan d’attaquer Sparte.

(1) https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.27.20081893v3
(2) Philippe de Macédoine, le père d’Alexandre le Grand, parti à la conquête de la Grèce, envoya une ambassade exiger la soumission de Sparte avec ce message « Je vous conseille de vous soumettre sans délai, car si je conduis mon armée sur votre territoire, alors je détruirai vos fermes, je tuerai votre peuple, et je raserai votre cité. » La réponse des Spartiates : « Si. »
Philippe renonça à attaquer Sparte.
(3) https://wellcomeopenresearch.org/articles/5-67

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1. timiota
  
  23 mai 2020 12h30
  
  Bonjour Alexis
  Il y a Gomes et al. ici
  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.27.20081893v1.full.pdf
  et les études du québécois/vermontois Hébert-Dufresnes, notamment celle-ci que j’avais référencée :
  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.10.20021725v2.full.pdf+html
  (en plus de celle-là https://covid.idmod.org/data/Stochasticity_heterogeneity_transmission_dynamics_SARS-CoV-2.pdf )
  
  La figure 1 panel gauche de « 10.1101/2020.02.10.20021725v2.full.pdf+html » est une comparaison des R(\infty) [proportion finale de contaminés]
  pour 6 autres pandémies/épidémies, avec comparaison plutôt probante des résultats connus (symbole « x ») et de leur modélisation « réseau loi « NB » dite sous-binomiale(traits à moustaches bleus), qui est bien plus près du résultat que le classique modèle uniforme (« Kermack-McKendrick » , traits à moustache rouge).
  
  Le paramétrage de la loi binomiale est fait avec un paramètre de « loi binomiale négative » k=0.16 pour la covid 19.
  En clair, c’est le paramètre qui donne la taille de la longue queue, avec des détails mathématiques que je n’ai pas regardé de près.
  
  Ce n’est donc pas que du vent par rapport à la réalité , même si des contradictions par les cas « grands navires » sont possibles.
  
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juannessy

23 mai 2020 11h45

Mouais ….

Les pandémies rendent fous les statisticiens , à moins que ce soit l’inverse .

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Jacques Seignan

23 mai 2020 12h43

La maîtrise des « départs de feu » est évidemment un point crucial et on peut le vérifier avec de rares pays qui ont su ou savent le faire. Par contre cette maîtrise implique de tester massivement. Le Pr. Salomon a dit « au moindre doute il faut se faire tester ». OK, ça va dans le bon sens !

Mais qu’en est-il sur le terrain ? Un ami vient de m’informer d’une situation assez pénible où justement il n’est pas testé selon l’application d’ « protocole officiel »… Il semblerait que ce soi-disant protocole (en désaccord avec la recommandation du Pr. Salomon) pourrait encore justifier une pénurie sur le terrain. On a déjà fait le coup avec les masques…
L’acteur ringard de série B qui s’évertue pitoyablement à faire le « président » ira-t-il un jour nous expliquer que pour les tests, il n’y a pas eu de pénurie ?

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XTIAN

23 mai 2020 12h51

Merci Timotia de votre post
J’ai précédemment indiqué ne pas être très à l’aise avec les aficionados du R0 dans la mesure où , en France par exemple, les statistiques ne distinguent pas suffisamment les EPHAD de l’ensemble ,et qu’intuitivement il me semblait que la circulation du virus ne pouvait être identique dans l’immense cluster des EHPADS et le pays dans sa globalité.
En résumé , je comprends de cet article que dans le même temps certaines personnes infectées peuvent être très contaminantes ( « superspreaders »: seulement 8,9 % des individus infectés sont responsables de 80 % des cas de contaminations secondaires), et d’autres personnes ne peuvent tout simplement pas être contaminées

Bon , bien sûr …dans les conditions actuelles de distanciation physique:)

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Lucas

23 mai 2020 14h12

H-S
Trop drôle dans la dernière rediffusion de top chef :
Un candidat fait un show ou il veut transmettre un message de sauvegarde de la forêt amazonienne. Il se fait juger à la fin par 16 étoiles Michelin.
Il ne gagne pas car le message qu’il voulait faire passer à Noué le ventre des goûteurs.

Donc Il faut bien s’employer à dénouer les intestins. Pour les rendre apte à accueillir la lucidité de l’étage supérieur

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1. timiota
  
  23 mai 2020 15h00
  
  Eh oui, Lucas, il faut apprendre à Loué sa volaille pour qu’elle ait de l’amour propre !
  
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  1. Lucas
    
    23 mai 2020 15h07
    
    Et pour que la fôret subsiste nom d’un bouc!
    
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blinblin

23 mai 2020 15h03

Reste juste à savoir si il y a immunité , si les gens touchés par le covid sont guéris ou si c’est le début de la fin

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1. Ruiz
  
  24 mai 2020 6h04
  
  Ou comme pour le VIH au début les experts venaient, invités par les journalistes, sur les plateaux Télé et (pour rassurer le peuple ou eux-mêmes), confiants dans leur savoir, qualifiaient les séropos de porteurs sains.
  
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PAD

23 mai 2020 16h25

Merci beaucoup Timiota pour ce suivi assidu.

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Bernard

23 mai 2020 20h18

Il arrive que les solutions obligent à sortir du cadre traditionnel .
La non contamination de certaines personnes particulièrement exposée interpelle.
Une réponse possible du côté de chez Dransart : « la maladie cherche à nous guérir de l’émotion qui l’a engendrée « .
Mais Zalors, qu’elle pourrait être l’émotion commune aux victimes du Covid19?

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1. juannessy
  
  23 mai 2020 21h07
  
  Je ne vois que la peur de mourir !
  
  Répondre
2. Bernard
  
  23 mai 2020 22h23
  
  @juannessy
  si ce domaine de recherche vous intéresse , voir bouquin « la maladie cherche à me guérir « du docteur Philippe Dransart .Pour le lire , il faut une certaine ouverture d’esprit , il parle d’âme et d’homéopathie mais pas que …Il évoque ces dénis qui ne veulent pas arriver à notre conscience , et ce moment où notre corps exprime par la douleur ou la maladie ce que l’on ne veut pas prendre en compte . Ce livre peut aussi se lire comme un livre de science fiction…
  A mon avis , la peur de la mort affecte tout le monde , mais possiblement à des degrés très divers.
  Votre réponse me trouble parce que dans sa description de l’asthme ( qui peut être relié, pas de façon systématique , à une peur de la mort si j’ai bien compris ses propos ) , il parle de ce que ressent le malade , il perd le souffle . Ça ressemble à la phase terminale du patient atteint de Covid19.
  Je ne sais pas si ce médecin est toujours en vie , j’aurai bien aimé connaître son avis sur la question .
  
  Répondre
  1. PPH
    
    24 mai 2020 21h05
    
    « ce moment où notre corps exprime par la douleur ou la maladie ce que l’on ne veut pas prendre en compte » .
    
    A mon avis, il ne s’agit pas d’une une théorie nouvelle: cf. Freud ou Georg Groddeck (le livre du ça).
    
    Répondre
    1. Paul Jorion
      
      25 mai 2020 0h26
      
      En effet !
      
      Répondre
  2. Otromeros
    
    24 mai 2020 22h10
    
    @Bernard 23/5 à 22h23 :
    … » A mon avis , la peur de la mort affecte tout le monde , mais possiblement à des degrés très divers. « …
    
    Excellente formulation sur un vrai sujet de réflexion , généralement « évacué » sur ce blog , pourtant fréquenté (me semble-t’il) par une majorité (/un grand nombre?) de vieux , disons plutôt « en gentleman » »… d’ « âgés (= 65+) » …directement concernés , qu’ils le veuillent ou non , par la politique d’ « accompagnement contrainte » du déroulement des conséquences de l’atteinte « C19 ».
    Cette C19 qui a l’immense mérite , selon moi , pour qui? de cette classe d’âge veut bien envisager sans trop de mélo sa propre naturelle disparition inéluctable , d’agir comme un miroir-révélateur égalitaire tout à fait inattendu , ou plutôt improbable , pire ..encore hier impensable!
    Improbable/impossible/impensable/inadmissible assimilation stupéfaite du moi à son agglomérat de molécules , scrutant l’horizon , constamment aux aguets comme les moineaux dans la pelouse , plébéien , aristocrate ou puissant , suant le même degré de stupéfaction/sidération ( » tu quoque « ) , d’égalitaire , voire d’inégalitaire inversée de classe (-affaires) se pensant privilégiée/protégée/hors d’atteinte.. , en ces moments de plénitude friquée tranquille , planant au dessus du lot..
    Le rêve qui devient cauchemar.
    Cette peur , cette panique.. ce ravalement de façade , ce masque à la face de tous ..la vie jamais plus? comme avant.
    Les vocables « mimique » , « empathie » / autres ..sortis du dictionnaire.
    L’avenir radieux… Et vous évoquez la crainte de la mort? La manière , sûrement ; quant au reste…
    
    Répondre
    1. Paul Jorion
      
      25 mai 2020 0h30
      
      Je viens de revoir le Solaris de Tarkovski, d’après le roman de Stanislas Lem. Il est dit à un moment (je cite de mémoire) : « Tant que l’idée de la mort ne nous effleure pas nous sommes immortels ».
      
      Répondre
  3. Bernard
    
    25 mai 2020 22h28
    
    Le côté intéressant avec Dransart , c’est le côté application pratique plus que théorique .Merci cependant pour les références , mais trop pointu pour moi .
    Comme une idée en engendre une autre ( merveilleuse utilité de ce blog ) , une petite dernière , pour la route:
    
    Il n’avait que 34 ans , a sûrement tenté de dépasser sa peur de vivre sous une dictature , et si ça se trouve
    son courage a permis d’éviter des milliers et des milliers de morts.
    Combien de temps va t’on mettre avant de reconnaître mondialement son importance , et combien de temps vas t’on mettre à l’oublier ?
    Il a juste fait son job diront certains.
    https://www.bfmtv.com/international/l-un-des-premiers-medecins-chinois-a-avoir-alerte-sur-le-coronavirus-vient-d-en-mourir-1853357.html
    
    Répondre
Pierre-Yves Dambrine

24 mai 2020 0h04

En complément de cette thèse :
Selon certains chercheurs, minoritaires, il y aurait une immunité croisée : l’immunité que l’on a acquise lors d’une contaminations par d’autres agents infectieux, ici possiblement les coronavirus du rhume, protègerait contre Sars-Cov2.
https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/coronavirus-quatre-questions-sur-l-immunite-croisee-qui-pourrait-annoncer-la-fin-de-l-epidemie-selon-certains-chercheurs_3977427.html

Répondre
1. François M
  
  24 mai 2020 15h47
  
  P-Y D m’a devancé !
  
  J’ai lu hier soir qu’effectivement les recherches actuelles sur les anticorps possibles amènent à penser qu’il existerait des anticorps « génériques » pour une famille de virus (en l’occurrence ici certains coronavirus). Ainsi, des anticorps du sars-cov-1 de 2013 seraient également efficaces contre le sars-cov-2. De même pour certains anticorps contre les rhumes classiques, qu’une partie d’entre-nous fabriquons. Sachant que ces anticorps ne s’attaquent pas tous au même épitope, et n’ont pas tous la même efficacité. Sous réserve d’avoir bien compris les choses, car je suis au delà de mes limites de mes connaissances sur le sujet.
  
  Voici un lien d’une personne ayant interprété l’étude, et le lien vers l’étude inside.
  https://mobile.twitter.com/MartinFierro769/status/1261923618734424065
  
  Cela expliquerait en tout cas pourquoi certains sont moins sensibles que d’autres au virus : peut-être ont-ils été en contact avec les rhumes hivernaux. Il faudrait faire une enquête auprès des personnels des crèches et écoles maternelles pour savoir s’ils sont statistiquement moins symptomatiques que les autres.
  
  Répondre
  1. timiota
    
    24 mai 2020 18h48
    
    Ah, si on peut éviter les liens via twitter.
    Il y a l’original ici
    https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30610-3
    et même le pdf
    https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S0092-8674%2820%2930610-3
    
    Répondre
  2. François M
    
    24 mai 2020 23h12
    
    C’était volontaire, pour permettre d’accéder à l’analyse de la médecin sans forcément se taper la version intégrale en VO !
    
    Répondre
  3. timiota
    
    25 mai 2020 1h23
    
    Ah, OK,
    il faut que j’apprenne à détecter de l’info valable sur Tweeter, pour moi, ce n’était que des liens…
    
    Répondre
2. Ruiz
  
  25 mai 2020 1h24
  
  Il y a aussi un risque inverse de facilitation de l’infection par les anticorps :
  https://www.latribune.ca/actualites/vos-questions-sur-la-covid-19/proteges-de-la-covid-19-par-le-rhume-8e2bc3c0a4c6ea6b7fa19360a4000daa
  (voir aussi les liens)
  Comme pour certain vaccin contre la dengue qui s’est avéré néfaste, y aurait il des anticorps qui expliciteraient la plus grande sensibilité des générations agées, qui auraient été soumises il y a quelques décennies à la fabrication d’anticorps particuliers ?
  
  Répondre
3. Stéphane Carpentier
  
  25 mai 2020 17h14
  
  Cela me parait une remarque très intéressante, Canguilhem l’a déjà démontré dans les années 60, chaque maladie reste à jamais marquées dans notre corps et nous transforme. Autrement dit, après un simple rhume, nous ne sommes plus exactement le / la même. C’est donc une piste vraiment intéressante. Elle est aussi inquiétante : quid des traitements antibiotiques subits depuis le plus jeune âge et de leurs conséquences, de la fréquentation de milieux pollués depuis la naissance (Paris, Londres ?), de la malbouffe sur des dizaines d’années ou plus ?
  
  Répondre
  1. timiota
    
    25 mai 2020 22h11
    
    Il y a déjà une belle réponse grandeur nature sur la « malbouffe »:
    L’obésité, résultat entre autres de la modification du microbiote par le régime « malbouffe », et les sucres rapides surtout, pour faire court.
    Donc pas besoin de chercher les antibiotiques, si ce n’est qu’il auront encore plus trié dans le microbiote et plutôt pas gardé les bonnes souches.
    
    (Je rappelle que pour les greffes d’intestins, il est recommandé depuis 15 ans de garder le contenu du donneur faute de quoi sans microbiote déjà présent, la première bactérie opportuniste fait son nid, un peu comme le muguet (Candida Albicans), pas sympa comme suite opératoire.)
    
    La pollution est connue pour diminuer les facultés cognitives de façon significative et non ambigue.
    
    Bon, mais on découvre ça en 2020 parce que jusqu’en 1920, en gros (disons la fin de la vie des enfants de la famine irlandaise de 1848 pour fixer les choses), on avait des gens qui respirait l’air pollué des cahutes avec foyer à bois (ou coke! ) mal aéré (les « jolies » maisons de pêcheur n’ont point de volume, et le tirage par vent virevoltant…). Et question alimentaire, qui souffraient des carences fondamentales (calcium, vitamines, …) avec des maladies un peu oubliées (la goutte, le scorbut, le rachitisme) dans l’OCDE, un peu moins ailleurs.
    
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